Beim Menschen gibt es ein sehr komplexes Klappensystem, das den Durchgang zwischen Speiseröhre und Magen regelt, wodurch verhindert wird, dass die Nahrung aus dem Magen, insbesondere Säure und Galle, in die Speiseröhre entweicht. Die wichtigste Ursache für Reflux ist die Insuffizienz dieses Klappensystems bzw. das Abrutschen des Klappensystems, im Volksmund als Magenbruch bekannt, von der Bauchhöhle in den Brustraum, was zu einer unzureichenden Funktion der Klappe führt. Bei der Refluxkrankheit liegt keine hohe Magensäure vor. Mageninhalt, der in die Speiseröhre gelangt, selbst bei normalem oder sogar niedrigem Säuregehalt, verursacht Schäden an der Speiseröhre. Eine Klappeninsuffizienz ist nicht notwendig, damit ein Reflux auftritt. Reflux kann auch bei Erkrankungen der Speiseröhre und bei Magenentleerungsstörungen auftreten.
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